Minsani memberikan biaya yang tarjangkau bagi calon siswa dan orangtua. Biaya ini terdiri dari pendaftaran, wakaf pengembangan, SPP setiap bulan, kegiatan setiap Tahun, dan seragam.

1. Biaya pendaftaran dibayarkan saat mendaftar dengan mengisi formulir online atau formulir offline di Minsani. Biaya pendaftaran ke jenjang Taman Kanak-kanak (RA) untuk observasi calon peserta didik dan wawancara orangtua. Sedangkan pada jenjang MI dan MTs selain observasi dan wawancara sudah termasuk psikotes oleh tim psikolog Minsani untuk mengetahui minat dan bakat siswa.
2. Wakaf Pengembangan dibayarkan satu kali di awal masuk yang akan digunakan untuk pengembangan tanah wakaf pesantren dan pengembangan sarana dan prasarana di Minsani.
3. Biaya Kegiatan dibayarkan setiap awal Tahun Pelajaran yang akan digunakan untuk peserta didik melaksanakan berbagai kegiatan seperti sumber belajar, UTS, UAS, Manasik Haji, Outbound, Camping, Berenang dan kegiatan lainnya.
4. SPP dibayarkan setiap bulan yang akan digunakan sebagai sumbangan pembinaan pendidikan sudah termasuk makan siang.
5. Uang Seragam dibayarkan saat daftar ulang untuk seragam siswa Minsani. Adapun selanjutnya dapat disesuaikan dengan kebutuhan seragam anak masing-masing.